TogoDX/Humanの使い方

動画マニュアル

“TogoDX/human を使ってヒトのデータベースを統合的に探索、俯瞰、抽出する”, 2021/12/10, TogoTV, DOI: 10.7875/togotv.2021.079)

画面構成

Explorer画面

Explorer

Explorer画面(トップページ)では、遺伝子・タンパク質・化合物・疾患など各カテゴリごとに、様々な属性の内訳を俯瞰的に表示したり、絞り込み条件を指定することができます。また、ユーザが持つIDのリストを指定することで、各属性における分布を簡易的なエンリッチメント解析のように表示させることができます。

Attribute keys 各データセットの属性
- 各属性の>ボタンで、詳細データおよび階層分類や連続値分布を、展開したり閉じたりできます。
- 最上段の>ボタンで、全ての属性の詳細を、まとめて展開したり閉じたりできます。
- 詳細データについては後述の属性詳細を参照。
Attribute values 属性ごとの内訳、階層分類および連続値分布
- 閉じた状態では、属性ごとに俯瞰的な内訳を表示しています。
- 展開した状態では、階層分類の場合はカラムブラウザが、連続値分布の場合はヒストグラムが表示されます。
Log scale
- 各Attribute valuesの内訳を対数表示に切り替え、該当数の少ない内訳を選択しやすくできます。
Condition builder 検索条件の指定
- Clearボタンを押すと、Add filters、Map attributesの選択が初期化されます。
Select target dataset データセットの選択
- 最終的な結果をどのデータセットのIDに対応させて表示するかを指定します。
- IDのリンク関係で示す経路でID変換を行っています。
Map your IDs IDリストのマッピング
- 利用者の持つIDリストをAttribute keysの各属性にマッピングします。
- データセットをSelect target datasetで変更すると、入力可能なIDの例がグレーで表示されます。
- カンマ、スペース、改行区切りのIDリストが入力可能です。
Add filters 絞り込み条件の指定
- 各属性のAttribute valuesから、内訳や階層分類および連続値の範囲を絞り込み条件として指定します。
  - Add filtersを用いた探索方法を参照。
- 1つの属性内で複数の条件を追加した場合は、いずれかを満たすOR検索となります。
- 複数の属性から条件を組み合わせて指定した場合、すべてを満たすAND検索となります。
Map attributes 検索結果の各属性における分布
- Add filtersで絞り込まれた結果に対し、ここで指定した属性における分布を表示させることができます。
  - Map attributesを用いた探索方法を参照。
View results 結果表示
- Add filtersで指定した絞り込み条件を満たすResults画面を表示します。

属性詳細

Explore

各属性の>ボタンで、詳細データを展開表示することができます。

Description 概要説明
- Attribute keysで表示される属性情報の値や分類の内訳に関する説明。
API データ取得方法
- Attribute keysで表示される属性情報を取得するために使用しているAPIのURL。
Original data 元データ
- TogoDX/Humanに収載されている属性情報の元データの提供元や出典情報。
Version バージョン
- TogoDX/Humanに収載されている属性情報の元データのバージョン情報。
Last updated 更新日
- TogoDX/Humanに収載されている属性情報の元データの更新年月日。

階層分類を持つ属性では細分類ごとの内訳が表示されます。

Values 属性の細分類名
Total 属性の総内訳数
Mapped Map your IDsで指定したIDの該当数
p-value Mappedの該当数と総数を元にしたp値

Results画面

result

絞り込み条件に合致するSelect target datasetで指定したIDの一覧、または、Map your IDsで指定したIDに対応する結果の一覧と、Add filtersの値およびMap attributesの内訳が取得できます。画面上部には検索結果の分布の内訳グラフが表示されます。検索結果に含まれる各IDからは、より詳細な情報をポップアップ表示することができます。検索結果はSaved conditionsからダウンロードすることができます。

Saved conditions 保存された検索条件
- Saved Conditionsのプログレスバーでは、データ取得の状況が表示されます。
- データ取得が全て完了するとCompletedと表示され、検索条件がSaved conditionsに保存されます。
- 検索結果はTSV形式などでダウンロードすることができます。
- 過去の検索条件をクリックすることで、結果画面を切替えて表示することができます。
- ブラウザを閉じたり、再読み込みをすると、保存された検索条件はすべて消去されます。
分布の内訳グラフ
- Hits/All デフォルトでは各内訳の総数における、絞り込み条件を満たすIDの数が表示されます。
- Hits/All(%) 上記の割合をパーセント表示します。(Stretch)
- Hits only 絞り込み条件を満たすIDの実数だけを表示します。(Only hit count)
関連情報の表示
- 検索結果の表に表示されている各種IDをクリックすると、IDに紐づく関連情報が表示されます。
- 関連情報の中にリンクがある場合は、外部のデータベースと紐づいており、更に詳細な情報を参照できます。
Return
- クリックすることでExplorer画面に戻ることができます。
- ブラウザの戻るボタンではExplorer画面に戻れないので注意が必要です。
- Explorer画面からはSaved conditionsを選択することでResults画面に戻ってくることができます。

result_stanza

操作方法

Add filtersを用いた探索方法

Add filtersでは、様々な属性における絞り込み条件を満たすIDセットを取得します。

Select target datasetから検索結果の集計に用いるIDのデータセットを選択します。
Condition builderのAdd filtersをクリックして有効化します（初期状態では選択済みです）。
- 各属性のAttribute valuesの値をクリックすることで俯瞰的な内訳を条件に追加します。
- 属性が階層分類を持つ場合は、詳細を展開しチェックボックスをクリックすることで、細分類を条件に追加することができます。
  - カラムブラウザで分類項目の右端に▶が表示されている場合は、その項目が子階層を持つことを示します。
- 属性が連続値分布を持つ場合は、詳細を展開しヒストグラムの範囲を指定することで、選択範囲を条件に追加することができます。
  - 上段のヒストグラムで指定した範囲が下段に拡大表示され、その範囲がAdd filtersに追加されます。
絞り込み条件の選択が終わったら、View resultsをクリックします。結果はResults画面のページで表示されます。

Map Attributesを用いた探索方法

Map attributesではAdd filtersやMap your IDsで絞り込まれたIDセットに対し、他の属性での分布を見ることで新たな発見を促します。

Select target datasetから検索結果の集計に用いるIDのデータセットを選択します。
Condition builderのMap attributesをクリックして有効化します（初期状態ではAdd filtersが選択されているため切替えます）。
- Attribute keysの欄の右端に現れるチェックボックスを選択します。
- 属性が階層分類を持つ場合は、詳細を展開しMap following attributesのチェックボックスを選択することで、細分類における分布表示を指定できます。
選択が終わったら、View resultsをクリックします。結果はResults画面のページで表示されます。

Map your IDsを用いた探索方法

Map your IDsでは、手持ちのIDリストに対する各属性での偏りやp値の計算、Add filtersによる絞り込みや、Map attributesによる他の属性での分布を確認することができます。

Select target datasetで入力するIDに対応するデータセットを選択します。
Map your IDsでは、表示されるサンプルIDの表記方法に従ってIDを入力します。
- 複数のIDは、カンマ、スペース、または改行区切りで入力します。
- 手持ちのIDがSelect target datasetに含まれていない場合は、TogoIDで変換したものを用いることができます。
Submitボタンを押すと、In progressの表記とともに進捗状況を示すバーが表示されます。

Map your IDs

各属性の内訳ごとに該当するIDの数とp値が計算されます。
- 各属性で、対応するIDを含む内訳には左肩にピンが表示され、該当するIDがない部分はグレーアウトされます。
- ピンにマウスオーバーすることで該当数とp値が表示されます。