TogoDX/Humanの使い方
目次
動画マニュアル
- “TogoDX/human を使ってヒトのデータベースを統合的に探索、俯瞰、抽出する”, 2021/12/10, TogoTV, DOI: 10.7875/togotv.2021.079)
画面構成
Explorer画面
Explorer画面(トップページ)では、遺伝子・タンパク質・化合物・疾患など各カテゴリごとに、様々な属性の内訳を俯瞰的に表示したり、絞り込み条件を指定することができます。また、ユーザが持つIDのリストを指定することで、各属性における分布を簡易的なエンリッチメント解析のように表示させることができます。
Attribute keys
各データセットの属性- 各属性の
>
ボタンで、詳細データおよび階層分類や連続値分布を、展開したり閉じたりできます。 - 最上段の
>
ボタンで、全ての属性の詳細を、まとめて展開したり閉じたりできます。 - 詳細データについては後述の属性詳細を参照。
- 各属性の
Attribute values
属性ごとの内訳、階層分類および連続値分布- 閉じた状態では、属性ごとに俯瞰的な内訳を表示しています。
- 展開した状態では、階層分類の場合はカラムブラウザが、連続値分布の場合はヒストグラムが表示されます。
Log scale
- 各
Attribute values
の内訳を対数表示に切り替え、該当数の少ない内訳を選択しやすくできます。
- 各
Condition builder
検索条件の指定Clear
ボタンを押すと、Add filters
、Map attributes
の選択が初期化されます。
Select target dataset
データセットの選択- 最終的な結果をどのデータセットのIDに対応させて表示するかを指定します。
- IDのリンク関係で示す経路でID変換を行っています。
Map your IDs
IDリストのマッピング- 利用者の持つIDリストを
Attribute keys
の各属性にマッピングします。 - データセットを
Select target dataset
で変更すると、入力可能なIDの例がグレーで表示されます。 - カンマ、スペース、改行区切りのIDリストが入力可能です。
- 利用者の持つIDリストを
Add filters
絞り込み条件の指定- 各属性の
Attribute values
から、内訳や階層分類および連続値の範囲を絞り込み条件として指定します。 - 1つの属性内で複数の条件を追加した場合は、いずれかを満たすOR検索となります。
- 複数の属性から条件を組み合わせて指定した場合、すべてを満たすAND検索となります。
- 各属性の
Map attributes
検索結果の各属性における分布Add filters
で絞り込まれた結果に対し、ここで指定した属性における分布を表示させることができます。
View results
結果表示Add filters
で指定した絞り込み条件を満たすResults画面を表示します。
属性詳細
各属性の>
ボタンで、詳細データを展開表示することができます。
Description
概要説明Attribute keys
で表示される属性情報の値や分類の内訳に関する説明。
API
データ取得方法Attribute keys
で表示される属性情報を取得するために使用しているAPIのURL。
Original data
元データTogoDX/Human
に収載されている属性情報の元データの提供元や出典情報。
Version
バージョンTogoDX/Human
に収載されている属性情報の元データのバージョン情報。
Last updated
更新日TogoDX/Human
に収載されている属性情報の元データの更新年月日。
階層分類を持つ属性では細分類ごとの内訳が表示されます。
Values
属性の細分類名Total
属性の総内訳数Mapped
Map your IDs
で指定したIDの該当数p-value
Mapped
の該当数と総数を元にしたp値
Results画面
絞り込み条件に合致するSelect target dataset
で指定したIDの一覧、または、Map your IDs
で指定したIDに対応する結果の一覧と、Add filters
の値およびMap attributes
の内訳が取得できます。画面上部には検索結果の分布の内訳グラフ
が表示されます。検索結果に含まれる各IDからは、より詳細な情報をポップアップ表示することができます。検索結果はSaved conditions
からダウンロードすることができます。
Saved conditions
保存された検索条件Saved Conditions
のプログレスバーでは、データ取得の状況が表示されます。- データ取得が全て完了すると
Completed
と表示され、検索条件がSaved conditions
に保存されます。 - 検索結果はTSV形式などでダウンロードすることができます。
- 過去の検索条件をクリックすることで、結果画面を切替えて表示することができます。
- ブラウザを閉じたり、再読み込みをすると、保存された検索条件はすべて消去されます。
分布の内訳グラフ
Hits/All
デフォルトでは各内訳の総数における、絞り込み条件を満たすIDの数が表示されます。Hits/All(%)
上記の割合をパーセント表示します。(Stretch
)Hits only
絞り込み条件を満たすIDの実数だけを表示します。(Only hit count
)
関連情報の表示
- 検索結果の表に表示されている各種IDをクリックすると、IDに紐づく関連情報が表示されます。
- 関連情報の中にリンクがある場合は、外部のデータベースと紐づいており、更に詳細な情報を参照できます。
Return
- クリックすることでExplorer画面に戻ることができます。
- ブラウザの戻るボタンではExplorer画面に戻れないので注意が必要です。
- Explorer画面からは
Saved conditions
を選択することでResults画面に戻ってくることができます。
操作方法
Add filtersを用いた探索方法
Add filters
では、様々な属性における絞り込み条件を満たすIDセットを取得します。
Select target dataset
から検索結果の集計に用いるIDのデータセットを選択します。Condition builder
のAdd filters
をクリックして有効化します(初期状態では選択済みです)。- 各属性の
Attribute values
の値をクリックすることで俯瞰的な内訳を条件に追加します。 - 属性が階層分類を持つ場合は、詳細を展開しチェックボックスをクリックすることで、細分類を条件に追加することができます。
- カラムブラウザで分類項目の右端に
▶
が表示されている場合は、その項目が子階層を持つことを示します。
- カラムブラウザで分類項目の右端に
- 属性が連続値分布を持つ場合は、詳細を展開しヒストグラムの範囲を指定することで、選択範囲を条件に追加することができます。
- 上段のヒストグラムで指定した範囲が下段に拡大表示され、その範囲が
Add filters
に追加されます。
- 上段のヒストグラムで指定した範囲が下段に拡大表示され、その範囲が
- 各属性の
- 絞り込み条件の選択が終わったら、
View results
をクリックします。結果はResults画面のページで表示されます。
Map Attributesを用いた探索方法
Map attributes
ではAdd filters
やMap your IDs
で絞り込まれたIDセットに対し、他の属性での分布を見ることで新たな発見を促します。
Select target dataset
から検索結果の集計に用いるIDのデータセットを選択します。Condition builder
のMap attributes
をクリックして有効化します(初期状態ではAdd filters
が選択されているため切替えます)。Attribute keys
の欄の右端に現れるチェックボックスを選択します。- 属性が階層分類を持つ場合は、詳細を展開し
Map following attributes
のチェックボックスを選択することで、細分類における分布表示を指定できます。
- 選択が終わったら、
View results
をクリックします。結果はResults画面のページで表示されます。
Map your IDsを用いた探索方法
Map your IDs
では、手持ちのIDリストに対する各属性での偏りやp値の計算、Add filters
による絞り込みや、Map attributes
による他の属性での分布を確認することができます。
Select target dataset
で入力するIDに対応するデータセットを選択します。Map your IDs
では、表示されるサンプルIDの表記方法に従ってIDを入力します。- 複数のIDは、カンマ、スペース、または改行区切りで入力します。
- 手持ちのIDが
Select target dataset
に含まれていない場合は、TogoIDで変換したものを用いることができます。
Submit
ボタンを押すと、In progress
の表記とともに進捗状況を示すバーが表示されます。
- 各属性の内訳ごとに該当するIDの数とp値が計算されます。
- 各属性で、対応するIDを含む内訳には左肩にピンが表示され、該当するIDがない部分はグレーアウトされます。
- ピンにマウスオーバーすることで該当数とp値が表示されます。
その他
ページヘッダ
About
- TogoDX/Humanについての概要へのリンク
Help
- TogoDX/Humanの用語説明や機能説明へのリンク
Example
- TogoDX/Humanの具体的な事例解説へのリンク
Contact
- TogoDX/Humanに関するお問い合わせ
初期化
- 起動時あるいは再読み込み時には、画面が全て初期設定に戻ります。
- 上部にある
TogoDX
のロゴをクリックすることでも、初期設定に戻ります。 Condition builder
のClear
ボタンをクリックすると検索条件が初期化されます。